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保温车和箱式保温车都是用于运输需要保持特定温度（通常是低温）货物的车辆，它们的主要区别在于结构和应用方面。
保温车车厢是一种为货物运输提供保温环境的车辆部分结构，通常包括车体、制冷系统、温控系统等，这种车厢可以安装在各种车辆底盘上，形成一个完整的保温运输工具，它可以用于运输各种需要保持低温状态的货物，如食品、药品等，保温车车厢的特点是具有良好的保温性能，可以有效地减少外界温度对车内温度的影响。
箱式保温车则是一种更为完整和专门的运输工具，它不仅包括保温车车厢的所有特点，还具有专门的车辆结构和设计，用于满足特定货物的运输需求，箱式保温车通常具有更高的密封性和更好的温度控制能力，以确保货物在整个运输过程中都能保持在设定的温度范围内，箱式保温车还可能有其他附加功能，如湿度控制、通风系统等。
保温车车厢是一种更为通用和灵活的结构，可以应用于各种车辆上；而箱式保温车则是一种更为专业和完整的运输工具，具有更好的温度控制和环境控制能力，具体选择哪种类型的车辆取决于货物的特性和运输需求。